诊断强直性脊柱炎主要依靠临床表现和影像学检查，HLA-B27结果阳性仅是强直性脊柱炎诊断的参考指标之一。
强直性脊柱炎病人HLA-B27阳性率高达90%～96%，普通人群HLA-B27阳性率仅4%～9 %;HLA-B27阳性者强直性脊柱炎发病率约为10%～20%，而普通人群发病为1‰～2‰，相差约100倍。所有这些说明HLA-B27在强直性脊柱炎发病中是一个重要因素。
但是应当看到，一方面HLA-B27阳性者并不全部都发生脊柱关节病，另一方面约有5%～20%脊柱关节病病人检测HLA-B27呈阴性，提示除遗传因素外，还有其他因素影响AS的发病，因此HLA-B27在AS表达中是一个重要的遗传因素，但并不是影响本病的单一因素。
HLA-B27阳性者中80%并不发生强直性脊柱炎，而强直性脊柱炎患者中有10%为HLA-B27阴性。故HLA-B27阳性不一定发生强直性脊柱炎，HLA-B27阴性也不一定不发生强直性脊柱炎，更不能认为HLA-B27阳性就是强直性脊柱炎。
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