强直性脊柱炎的病理变化可分为关节和关节外病理改变。关节病理变化又分为肌腱端附着点炎和滑膜炎。肌腱端附着点炎，是强直性脊柱炎的主要病理特点。
其病理过程是指以关节囊、肌腿、韧带的骨附着点为的慢性炎症，初期以淋巴细胞、浆细胞为主，伴少数多核细胞，炎症过程中引起附着点的侵蚀，附近骨髓炎症、水肿、乃至造血细胞消失，进而肉芽组织形成，在此基础上多次反复，使整个韧带完全骨化，形成骨桥或骨板。
滑膜炎在强直性脊柱炎中并不少见，典型表现为滑膜细胞肥大和滑膜增生，有明显的淋巴细胞和浆细胞浸润，组织免疫化学检查可见滑膜炎浆细胞浸润。
滑液方面，以淋巴细胞数较高为主，典型的强直性脊柱炎滑膜可见细胞吞噬性单核细胞，即吞噬了变性多核细胞的巨噬细胞。
关节外病理主要指睫状体和睫状突、主动脉根和主动脉瓣、房室结、肺间质、蛛网膜以及精曲小管、前列腺等处的纤维结缔组织结构炎症。
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