对于强直性脊柱炎的病因，目前尚不清楚;据研究;认为与下列因素有关。
(1)遗传因素 本病在不同民族中发病率的差异很大，北美印第安人发病率为2.7%～6.3%，而在非洲发病率仅为 0.2%。美国白人发病率为0.18%～1.4%，黑人发病率约为白队舶1/4。据调查，强直性脊柱炎病人亲属中发病率比一般人高加倍左右。
有人研究，发现多对挛生兄弟先后出现强直性脊柱炎。强直性脊柱炎病人HLA—B27(人类白细胞抗原B27)阳性率高达90%以上，子女HLA—B27阳性占50%，发生强直性脊柱炎的占25%。强直性脊柱炎比类风湿关节炎具有更强的家族遗传倾向。
这说明遗传因素对本病起着决定性作用。笔者在统计100例强直性脊柱炎病人中，HLA—B27阳性率为88%，发现15例有家族史，其中父亲、兄弟先后同患该病的有11例。
国内有组报道，210例强直性脊柱炎病人中，男性约占93%，说明影响强直性脊柱炎发病的因素不仅限于HLA—B27。已知 HLA—B27阳性者仅20%发生强直性脊柱炎，这也说明在发病因素中还有其他因素起作用。
(2)感染因素 有些学者经过大量观察，发现不少男性强直性脊柱炎病人合并有前列腺炎。另外有一些专家发现，本病病人中，溃疡性结肠炎和局限性肠炎的发病率较一般人高，从而推测致病因素可能是感染。
新近有学者研究认为，感染源可能是肠道肺炎克雷白菌。他们在实验中发现，无论是强直性脊柱炎病人大便肺炎克雷白菌培养阳性率，还是血清抗肺炎克雷白菌抗体水平，均显著高于对照组。有些学者认为，耶尔森菌也可能是该病的致病因子。
(3)其他致病因素 包括上呼吸道感染、外伤、甲状腺疾病、肺结核、局部感染等，但都缺乏足够的证据。
由此可见，目前尚无一种学说能够阐明强直性脊柱炎的全部病因，可能是在遗传基础上，加上感染等多方面的影响而发病。
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